药物治疗是治疗克罗恩的一种手段

柳氮磺胺吡啶治疗主要对轻至中度结肠炎和回肠结肠炎患者有益，但是对回肠炎患者也有一定疗效。该疗法还能保持缓解，尽管尚未证实其对术后的复发具有预防作用。

美沙拉敏（5-氨基水杨酸）是柳氮磺胺吡啶的活性部分，有几种口服控释剂型，可以在小肠和结肠各段释出。对不能耐受柳氮磺胺吡啶的患者尤其有用。美沙拉敏剂量达到4g/d，可以有效地诱导缓解并保持之，而且对抑制术后的复发大有希望。

虽然对某些患者少至5~10mg/d剂量仍可能有助于控制症状，但是长期疗法往往弊大于利。如有明显的感染（如瘘管，脓肿），须避免使用皮质类固醇。对不能肯定的病例（如那些有压痛和炎症性包块的病人），应同时给予抗生素。

新的表面活性皮质类固醇——布地奈德（budesonide），能口服或作为灌肠剂使用。其全身性生物利用度低，因此能降低对肾上腺的抑制。口服控释型布地奈德能诱导缓解，而且其副反应较强的松少；但与传统的皮质类固醇相比并不同样有效，而且超过6个月后在预防复发方面并不比安慰剂好。

免疫调节药物，特别是抗代谢药（硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤）的长期治疗是有效的。口服硫唑嘌呤（每日2.0~3.5mg/kg）或6-巯基嘌呤（每日1.5~2.5mg/kg）能明显改善患者全身临床症状，降低皮质类固醇的需要量，使瘘管愈合，缓解持续多年。然而，这些药物往往需用3~6个月后才开始产生临床效果，并且应仔细观察过敏反应，胰腺炎以及白细胞减少副作用的发生。

一些伴有肠梗阻或瘘管的患者，至少在短期内可依靠要素饮食或强化营养而使病情得到改善，有些患儿的生长速度可加快。由此可见，这些措施可作为手术前或辅助疗法，甚至作为主要疗法也有价值。